癫痫的病程较长，如果放任病情不治疗患者终身都可能会多次发病，每一次发病都会对患者的健康造成损害。癫痫的危害是多方面的，其中严重的是对脑部神经功能的损害从而引起多种并发症，其次在发病时还会造成患者受到意外伤害。
癫痫发作时，呼吸暂停、脑细胞缺氧水中，也加深脑细胞的损伤。这些神经细胞的损伤，不单可引起癫痫病人的记忆障碍、性格改变、智力下降，并且还可使癫痫发作更加频繁。另外，癫痫发作时可因呼吸停止、全身抽搐而造成其他脏器功能的破坏，如癫痫发作时造成的头部外伤与肢体损伤，甚至导致癫痫患者死亡。
因为癫痫是脑部神经放电异常导致的疾病，所以在癫痫发作的过程中势必会对患者的脑部发育造成或大或小、或多或少的损伤。主要的影响为组织结构的破坏、代谢的异常等，而那些器质性癫痫患者也往往会伴有智力损害及行为问题，这是儿童时期癫痫的危害中常出现的。
癫痫发作有时很突然，易造成意外伤害，若出现癫痫持续状态，危及生命。个别癫痫患者会发生不明原因的突然死亡。癫痫能致死癫痫患者的原因跟癫痫对人体造成的危害性存在着直接或间接的关系。发作时癫痫患者往往神志不清，不明外境，容易发生意外。癫痫反复频繁的发作，易引起大脑缺氧、血压升高，也可能引起肢体瘫痪。
随访所有年龄的癫痫患者，中枢神经系统感染后其危险性增加11倍。不同类型感染的危险性不一样，脑炎危险增加16倍，细菌性脑膜炎危险增加4倍，无菌性脑膜炎危险增加2倍，几乎所有的癫痫均在感染后5年内发生。中枢神经系统恶性肿瘤：癫痫发作常常是脑肿瘤的首发症状之一。一般的，级别较低的恶性肿瘤患癫痫的危险性较高。
由于癫痫病的遗传特性，很有可能会导致下一代的癫痫发作。如果父母患有癫痫，他们担心的就是会把癫痫遗传给孩子。癫痫病还会给患者家庭造成一定的精神压力和沉重的心理负担。由于癫痫发作的不确定性，一般无法把握发作的时间和程度，会让患者及家人一直处于紧张状态中。癫痫患者发作时由于神志不清，弄不清状况，很容易导致意外的发生。如果癫痫发作时患者正处于室外，是很危险的。
颅内肿瘤导致的癫痫对病人生命威胁比较大，此类成人癫痫病人的成活率明显降低。癫痫病的频繁反复发作，很可能会易引起血压升高、大脑缺氧，也可能引发肢体瘫痪。脑血管病伴有癫痫发作，可诱发或加重中风，冠心病、心绞痛、脑梗塞以及严重心脏功能损伤。
由于癫痫的反复发作性和患者的不合理用药，很容易损坏大脑神经细胞，严重影响患者的智力和面部容貌。癫痫病患者由于遭受到社会的歧视和不公平待遇，会导致患者精神压力加重、焦虑、自卑、甚至产生轻生的念头。
癫痫的危害是全面而深远的，因而患者一定要认真对待，即是治疗后没有再发作还是要坚持服用抗癫痫药物，以免治疗不彻底再次发病带来对身体的损害。